Det går att behandla en akut toxoplasmos, men inte att bota en latent toxoplasmos vilken är den form till vilken akut toxoplasmos utvecklas efter behandling. I en övervägande majoritet av fallen har en akut toxoplasmos gått bort innan den diagnosticerades. Akut toxoplasmos hos personer med immunitetsstörning, t.ex. hos personer som nyss genomgått organtransplantation och tar läkemedel för att undertrycka immunförsvaret måste alltid behandlas. Det är också nödvändigt att behandla toxoplasmos hos kvinnor som smittats under graviditeten eller kort innan de har blivit gravida. Toxoplasmos kan inte behandlas med vanlig antibiotika mot bakterier eller andra läkemedel mot virus utan den behandlas med speciella läkemedel (spiramycin vid behov och bara till 16-18 graviditetsveckan, en kombination av sulfadiazin och pyrimethamine kompletterad med levofolinsyra eller klindamycin med pyrimethamine).