Akut toksoplazmozu tedavi etmek mümkün iken, latent olan formu tedavi edilemez. Aniden değişen hastalık seyri ya da akut toksoplazmoz tedavisi latent formun görülmesine neden olabilir. Çoğu vakada, akut toksoplazmoz etkileri teşhis edilmeden önce azalır. Bazı durumlarda, örneğin organ nakli yapılan ve bağışıklık sistemini baskılayıcı ilaçlar kullanan hastaların veya bağışıklık sistemi baskılanmış olan kişilerin, toksoplazmoz tedavi olması gereklidir. Benzer şekilde gebelik sırasında ya da gebelikten kısa bir süre önce enfeksiyon kapan kadınların da tedavi edilmesi gerekir. Toksoplazmoz alışılmış antibiyotik ya da antiviral ilaçlar ile tedavi edilemez. Tedavi için özel ilaçlar kullanılmaktadır (Spiramycin, eğer gerekli ise sadece gebeliğin 16-18. haftalarında, sulfadiazine ve pyrimethamine kombinasyonu ile kullanılır. Bu kombinasyon, folinic asid veya clindamycin ve pyrimethamine ile birlikte verilir).