É possível tratar a toxoplasmose aguda, mas não é possível curar a toxoplasmose latente em que a toxoplasmose aguda ocorre sozinha ou após o tratamento da toxoplasmose aguda. Na maioria dos casos a toxoplasmose aguda diminui espontaneamente antes de ser diagnosticada. Na verdade, a toxoplasmose aguda deve ser tratada em pessoas com imunidade prejudicada, por exemplo em pessoas que estão após o transplante de órgãos e estão tomando drogas imunossupressoras. Também é obrigatório tratar a toxoplasmose em mulheres que foram infectadas durante a gravidez ou muito pouco tempo antes de engravidar. A toxoplasmose é resistente aos antibióticos convencionais contra bactérias ou medicamentos anti-vírus, devem ser usado os medicamentos especiais (espiramicina, se necessário e somente de 16-18 semanas de gravidez, combinação de sulfadiazina e pirimetina suplementada com ácido folínico ou clindamicina com pirimetamina).